虽然年吞吐量已经连续三年为全球第一，但上海港的烦恼依然不少。
上海外高桥保税区到外环周边的马路上随处可见马士基、APL（美国总统轮船）、SINOTRANS(中外运）的集卡车来车往，不过，这并不意味着繁盛。“没有看到有些集装箱的门都被开着吗？不少是空箱呢。”一位将车停在路边的马士基货运司机说，“我们还有很多空箱停在码头的堆场。”
根据上海港最新公布的数据，2009年上海港货物吞吐量完成5.92亿吨，同比增长1.8%；集装箱吞吐量完成2500.1万标准箱。
知情人士透露，2009年上海港港口的空箱累计堆放量不下2000万标准集装箱。需要注意的是，因为统计数据的标准问题，并不是所有空箱都算吞吐量（按统计方法，只有从一个码头靠泊之后再到本地码头才算吞吐量，如果从陆路运过来的，不算吞吐量）。不过，空箱，成堆的空箱……依然让人忧虑。
在外高桥港口的空箱堆放区域，按设置可堆放四层的空箱已经堆至六层。虽然占有“空箱”能为港口在经济好转时抢得先机，但大量的空箱仍然引发了人们对数据含水分的猜测。外媒曾援引外籍班轮公司的负责人称上海港的吞吐数据可能存在水分。不过，在中国，从一个码头靠泊到本地码头的空箱是允许被计算入吞吐口径的。“因此，一般码头不会对外公布真实的空箱比例。”上港集团内部人士透露。
