清定都北京后，全长三千多里京杭大运河的漕运依然象从前各朝代一样受到中央政府的高度重视。京杭大运河“每岁额征漕粮四百万石”（《清史稿·食货三·漕运》）。漕运事关国家经济命脉的强弱，漕船的修造和质量检查也变得非常重要。

船厂的船质管理

清朝主管漕船修造和质量检验的最高长官是漕运总督，官职为正二品，《清史稿》卷一百二十二《食货三·漕运》记载：“十年限满，由总漕亲验”，漕运总督发现有船只质量问题，包括船体朽坏，未完工而注册使用的船只，船已朽坏仍登记在册，或负责修造漕船的官员“督催不力”者，都要追究“司（司：主管……的单位）修造漕船各官”的责任。已造好的漕船，过了十年使用年限，仍不“验明”船质继续运粮的，一旦被总漕发现也要追究相关人员的责任；过期旧船必须要定期查验船质，并登册在案，由上级复查证实无质量问题，方可延长使用时间。《食货三·漕运》:（船）“十年限满，由总漕亲验，实系不堪出运，方得改造。有可加修再运者，量给加修银，仍令再运。按年计算。旧船可用，不验明驾运，督抚查实纠劾。司修造漕船各官，或诈朽坏，或修造未竣诈称已完，或将朽坏船册报掩饰，或承造推诿不依限竣工，或该管官督催不力，及朽坏船不估价申报，均降罚有差。”

漕运总督一职在明朝即有，清延续明的漕运制度。漕运总督管辖山东、河南、江南（包括今江苏、安徽）、江西、浙江、湖北、湖南等七省漕政。其中，对漕船的修造和检查、漕政查核等，淮安的漕运总督衙门有着完善的管理体系和责任制度。

1647年，顺治放心不下漕运总督的工作，设立了理漕部堂，专管漕运总督的工作，“襄治漕务”由中央委派的满族侍郎官担任，由于不懂业务，很快又被朝廷取消，还权于漕运总督。清初吴玉（音近）的《山阳志遗》卷四记载首任理漕部堂的库礼“初入中国，言语不通，性情各异，不治吏事，事皆其妻主之。”1653年，清廷撤销了该部门。清建国第二年的1645年，顺治在淮安设立漕运总督衙门总部，下属官吏二十人，办理衙门内一应事宜。

地处长江三角洲的淮安，坐落于江苏省中北部，江西、湖广、浙江等地的粮船到清江浦，都要卸粮转仓，大批商船和粮船在清江浦临时停泊，船匠、官兵和大批百姓在此居留，经历明末清初的国事动荡，清江浦还是“居人数万家，夹河二十里”（谈迁（1594～1658）《北游录》卷一）。此外，北方山东临清的卫河船厂也大量建造漕运船。

淮安的清江浦有明清最大的船厂——清江督造船厂。清江督造船厂以建造漕运船闻名，下辖四大船厂，八十二分厂，每年造漕船五六百艘。明《清江漕船志》卷三《船纪》：清江船厂负责“直隶、中都、江北、山东、北直隶等总浅船”的建造，“所谓‘河船’，即今之‘浅船’也”。

清初，清江督造船厂延续了明朝生产漕运浅船的规模，清朝在清江浦23里的地域继承了明朝自东而西排列的京卫、卫河、中都、直隶四大厂，改名为江宁厂、山东厂、凤阳厂和江南厂，下辖八十二分厂。直隶（中国旧省名，辖区包括今北京、天津、河北大部和河南、山东小部等地区）、山东、安徽凤阳、江苏徐州、江宁与河南省等地的漕运船只，都在清江船厂建造。《清史稿》卷一百二十二《食货三·漕运》：“直隶、山东、凤阳地不产木，于清江关设厂，由船政同知督造。江宁各帮共船千二百余，亦于清江成造”。《食货三·漕运》记载清初至漕运鼎盛时期“各省漕船，原数万四百五十五号”。

清江督造船厂的船只成造查验由船政同知负责。江宁厂和山东厂由淮安府同知（同知：明清时期官名，为知府的副职，正五品）督造，称东河船政同知；凤阳厂和江南厂由扬州府同知督造，称西河船政同知。明朝船质检查和管理由工部直接派去的官员——船厂提举司官员负责，清代船厂撤销了提举司机构，负责船质管理和检查的是驻扎在船厂的船政同知，由本地官员担当（光绪丙子《清河县志》卷三）。漕运总督下派的检查官员与船政同知指认的船厂监造官，负有检查船质量，保障船质安全的职责。如1694年朝廷规定粮船在使用期内出现质量问题者，要追究漕运部门的检查人员与船厂监造官的责任，“（康熙）三十四年，奏准粮船造完将委官匠作姓名及成造年月日刻于船尾，该漕运衙门验烙，倘先期损坏者，追治监造官役”（《钦定大清会典则例》卷一百三十五《船政》）。

1669年船政同知被派船厂专管修理漕船，负责漕船修补的质量检查，“（康熙）九年议准设船政同知专管修理粮船”。后因贪污腐败问题严重，雍正上台后被裁革，转交漕运总督下属的督粮道检查官员负责，雍正二年（1724年），“嗣裁船政同知，统归粮道管理。”

漕运总督的下属有巡漕御使、督粮道、管粮同知等，所辖军队称“漕标”。漕运总督衙门下辖的各级专业官员分为六类：监督巡查官、征收监兑官、押运官、领运官、催攒官、漕仓监收官等。督粮道的监督巡查官进驻船厂后，船质的检查工作，统归其下属的船厂承造官负责。