一直以来，区域间港口存在的低价无序竞争造成企业正常利益受损；枢纽港、喂给港的总体布局以及港口行业整体结构不甚合理；港口价格、安保和港口物流信息化等存在的问题已成为港口行业和港口企业发展的不利因素。

除此，从2012年开始，中国港口业不得不面临一些新问题。

“营改增”爱你不容易

2012年8月1日，国务院常务会议决定将交通运输业和部分现代服务业纳入营业税改征增值税（营改增）试点范围，由上海市分批扩大至北京、大津、江苏等10个省、直辖市和计划单列市。在税负不断提高的背景下，“营改增”成为当前结构性减税的一个突破口。不过，作为交通运输业重要的试点行业港口业来说，本应有利于减轻企业税负的“营改增”，却在实际运作中给诸多企业增加了负担。

此次“营改增”试点，港口行业涉及的增值税税率主要是现代服务业6%的税率和交通运输业11%的税率。在“营改增”试点前，港口企业缴纳的流转税费主要包括营业税、增值税以及城建税、教育费附加和地方教育费附加等，且以营业税为主。其中，港口企业的装卸、港务、拖轮业务等按3%的税率缴纳营业税；仓储及服务业务等按5%的税率缴纳营业税。可见，“营改增”后，港口企业主要应税服务中，装卸搬运服务税率由3%上升至6%，仓储服务税率由5%上升至6%，水路运输服务税率由3%上升至11%。目前实际操作的效果让港口业“叫苦一片”。

以上海港为例，除去上海市出台的“营改增”试点的相关过渡性优惠政策，有关单位税负影响情况如下：大型公共码头企业，如上海国际港务集团，由于原先享受的“注册在洋山保税港区内的企业从事国际航运、货物运输、仓储、装卸搬运业务取得的收入，免征营业税”政策，在“营改增”试点后仍然保留，而该部分业务收入约占其收入的90%，因此，集团整体税负只是略有增加，集团旗下的50多家单位税负则有增有减，若没有洋山税收优惠政策，“营改增”后集团税负增加明显。货主码头企业，其码头装卸、仓储和运输业务的税负有所增加，而作为生产性企业其抵扣较多，因此企业整体税负基本不变。仓储企业（独立法人），由于人工成本和设备折旧占大头，可进项抵扣不多，其税负增长20%左右。民营码头及仓储企业，其主要经营钢材装卸和仓储，除去其它优惠政策，考虑进项抵扣，税负增长约10%。国有性质业主码头及仓储企业，主要从事后勤保障和燃油供应，运输业务税负增长3%左右，装卸业务税负增长7%左右。

反观即将实施“营改增”的其他港口形势也并不乐观，据专家预测，即将实行“营改增”的港口将面临税负大大增加的局面。

天津港集团。不考虑重大固定资产购置进项税抵扣且考虑常规小额固定资产购置进项税抵扣的情况下，其整体税负将增长26.5%，其中港口装卸、物流业务税负将增长22.0%。

南京港集团。不考虑固定资产购置进项税抵扣的情况下，不计其原先享受的其它免税政策的税款，其整体税负将增长34.1%；而加上其原先享受的其它免税政策的税款，其整体税负实际增长8.3%，税额增加783万元。由于增值税为价外税，“营改增”试点后账面收入和成本同时下降，按2011年数据测算，集团利润将减少约900万元。

宁波港集团。不考虑固定资产购置进项税抵扣的情况下，其整体税负将增长37.5%。其中，港口码头经营业务税负增长37.7%，仓储业务税负降低164%；运输业务税负增长43.1%；代理业务税负基本持平；理货业务税负增长76.1%。

广州港集团。2011年营业税的综合税率约为3.42%，而“营改增”后，经测算综合流转税率为4.13%，在不考虑固定资产购置进项税抵扣的情况下，其整体税负将增长约20.0%，税额约增加3600万元。

深圳港。主要集装箱码头企业整体税负将有不同程度增加，平均税负增长20.0%，最高税负增长40.0%。按2011年实际数据测算，假设所有可抵扣项目全部取得增值税专用发票计算进项税额抵扣，深圳港东、西部港区的税负将增长21.0%～33.0%，税额增加7467万元，而实际会增加更多。

由此可见，在目前“营改增”试点政策使得港口企业销项税额大幅上升、可抵扣增值税进项税税额不足的情况下，不考虑试点相关过渡性优惠政策前提下，港口业整体税负会有增加，特别是作为中国港口业主力军的大型公共码头企业，税负增加明显。

此外，“营改增”试点政策对港口行业的影响还有新老企业税负不公平、码头统筹联营经营模式受到冲击、企业原有费收系统与税务统一开票系统的融合、日常开票和管理、代征的规费开票等一系列问题。