自《湖州港总体规划》实施以来，湖州市港航管理部门依据社会经济发展和港口布局实际，认真抓好港口结构调整工作，严格港口市场准入，有效控制小规模码头建设，努力提升港口码头发展档次，逐步实现各港区功能定位。

湖州港码头泊位年通过能力达到1.39亿吨、36万TEU。截至2012年底，全港拥有港口企业385家，码头总延长5.26万米，泊位数1012个，最大靠泊能力1000吨级。从码头结构组成来看，以重力式码头为主，湖州港靠泊能力达1000吨级、500吨级、300吨级的泊位分别为4个、314个、 375个，2000年以前建造的码头约占40%，2008年《湖州港总体规划》批复后，新建、改建、扩建的码头泊位为104个。

近几年来，港区公用码头泊位数在逐年增加，但比例仍偏低，约占总泊位数的19%。专业化泊位也缺乏，煤炭、成品油、液体化工、木材、粮食、集装箱（多用途泊位）等专业化泊位分别为113个、94个、29个、21个、16个和9个，约占总泊位数的28%。湖州港服务功能总体较弱，仍以传统的装卸、储存、转运为主，缺乏仓储、分拨、配送、拆装箱等延伸服务和增值服务，大大影响了港口辐射功能的发挥和港口物流业的发展。