根据国务院机构改革和职能转变方案，实行铁路政企分开，国务院不再保留铁道部。铁道部分拆对铁路发展有利，能使铁路更好地适应市场经济的规律和特点。但是绝大多数国人最为关注的是截至2012年第三季度，铁道部总负债为26607亿元，资产负债率为61.81%。铁道部在高速发展过程中形成的2.6万亿元负债如何解决将是铁道部分拆改革的关键性问题。

长期以来，中国铁道部和铁路系统一直因为政企不分、低效和巨额债务饱受外界批评，在2011年“7·23”甬温线特别重大铁路交通事故造成40人死亡、172人受伤之后，铁路系统在安全问题上又面临更大的压力。

铁道部是中华人民共和国政府成立最早的部门之一，自1949年成立以来，铁道部除1970年至1975年间与原中华人民共和国交通部、中华人民共和国邮电部合并成立新的交通部之外，一直延续至今。

铁道部在60多年间虽然历经风雨，但始终保持着政企合一、政监合一、政资合一的计划经济体制，被外界称为“铁老大”。

2008年，国家4万亿元经济刺激计划出台,中国铁路投资迎来历史上高速扩张时期,但铁道部的收入增速远远跑不过负债增速，因此债务高企。

铁道部财务报告显示，截至2012年第三季度，铁道部总资产43044亿元，总负债为26607亿元，资产负债率为61.81%。

对于铁路建设的债务问题，原铁道部长盛光祖曾表示，按照规定，该企业偿还的要企业来偿还，该国家财政投入的就由国家财政投入，这是一个课题，需要认真研究如何处理。铁道部分拆之后，债务问题如何解决将是一个关键性的问题。

铁道部的2.6万亿负债如果真如一些专家所说的那样全由国家买单的话相当于13亿中国人每人负债2000元人民币。2012年中国公共财政收入为10.37万亿元，2.6万亿占比超过20%，由此可见，这既不公平，政府和纳税人也难以承担如此巨额的债务。工商银行行长杨凯生也表示，目前铁道部的债权和债务关系比较明晰，改制以后，“该是由哪个主体承接的债务，还是由哪个主体承担债务。”

中国工程院院士王梦恕表示，对于铁道部的大量负债，如果将其立即转化为国家债务，一方面中央政府难以承担，另一方面，如果没有人大审核通过，其在形式上也将不合法。

改革之后的铁路系统如果不提高内部效率节约运营成本，不改善铁路工程质量与运营服务，今后可能依然举步维艰。铁道部对货运提价的理由是成本上升，但铁路需要提高效率，节约运营成本也是事实。如果市场化运营之后能够提高内部效率，节约运营成本，改善铁路工程质量与运营服务，“春运票好买了、回家的路好走了，票价降了”，这样的市场化改革才能够让国人满意，也才能称得上成功。否则，如果利用自己的垄断地位，频频涨价，让大多数国人坐不起火车，那改革就是失败了。