营业税改增值税自试点以来一直争议不断，37号文后，争议达到了顶峰，本想106号文能够解决现存争议，但问题并未改观。

“营改增”试点之前，船代和货代企业所缴的税负基数均是扣除了运费，也就是所说的差额征税。但37号文却以全额征税取代了差额征税，造成了部分服务行业的税负增加，引起船代和货代等企业的极大不满。最终，37号文被106号文取代，差额征税被恢复。

但业内人士发现，106号文虽然恢复了差额征税，却增加了很多附加条件。文件规定，只有同国际进出口直接有关的企业才可以享受代缴运费免税，也就是说，只有直接支付运费的企业，才可以享受差额征税，将范围缩小在了船代业，货代企业则无法享受到这项优惠，二贷、三贷更是如此。为此，财政部发布解读通知，进一步对此做出解释，认为只要是代收运费的企业，都应该进行差额征收。但从实际执行情况看，各地的税收单位对此并不买账。

而那些能够享受到优惠的船代企业也并非高枕无忧。107号文显示，差额征税只适用于试点期间。也就是说，如果2015年国务院决定全面推行“营改增”，那也就意味着试点期结束。而从具体操作来看，各地方对差额征收的要求也不尽相同。以增值税发票为例，各省市要求不一，甚至在个别地区出现将发票退回重开的现象，这不仅极大地影响了企业的正常运作，也影响了企业和客户间的关系。鉴于此，从2008年开始，很多企业利用境外支付来降低税务成本，将运费的结算放在国外。尤其是在2013年8月份之后，部分物流公司的海外运费结算甚至高达30%-40%。

企业在实际操作中应特别注意，虽然大部分国家与我国签订了双边免税协定，但并非涵盖所有行业，还有一些虽然已签订协定，但并未正式生效。根据现有规定，这有可能产生11%的增值税。从另一个角度考虑，如果免税成功，增值税的链条就会断掉，这就为链条下游的企业带来税费收缴问题。

因此，企业在实际分析税务成本时，应细致地进行成本分析，仔细研究公司的业务模式、客户情况和具体政策等，具体情况具体分析。此外，还要考虑到企业上下游各相关部门相应的增值税情况，以做出最稳妥的决定。企业要以其他企业做参考时，也应把握好同行之间的差别，再核算业务成本。