2012年10月，舟山港综合保税区正式获批建设，其目标是成为面向亚太地区、以大宗商品为主的综合保税区和舟山自由贸易港先行区。

2014年1月6日，舟山港综合保税区本岛分区配套码头首次获批临时开放。

2014年5月5日，装载着2615吨金枪鱼的基里巴斯籍“稳盈”轮靠泊该码头，这是舟山港综保区接靠的首艘外国籍货轮。

在该码头首次获批临时开放以来，依托于政策优势，该综保区的业务不断拓展延伸，舟山检验检疫局也开通了“绿色检验通道”。

据舟山检验检疫局驻舟山港综保区负责人龙彪介绍，2015年，综保区连续引进冰鲜鱼、红酒、皇刺龙虾等多项首次进口业务，来自日本、美国及非洲、东南亚等多个国家和地区。

数据显示，2015年1-12月，舟山港综合保税区本岛分区配套码头共接靠国际航行船舶360艘次，同比增长362%；共接进口集装箱2463标箱；共检验检疫入境货物418批次，货值1.73亿美元，批次和货值分别较同期大幅增长214%和158%。

如今，该码头获交通运输部批复，同意国际航行船舶继续临时进靠，期限延长至2016年7月6日。这也是该码头第五次获临时开放资质。

另悉，检验检疫部门正积极支持综保区筹建进口肉类指定口岸、开拓铜金矿业务和设立电子商务储备仓库等项目。