除了空港，海港也将是惠州“两港三网”建设的重点之一。

在这方面，方案提出，以惠州港马鞭洲主航道扩建工程、东江河源至石龙航道扩能升级工程等项目为重点，支持社会资本发起或参与设立港口及航道建设基金，探索以特许经营等多种方式，吸引社会资本投资建设改造港口、内河航运、公共航道等基础设施。鼓励社会资本参与海岛旅游产业及配套基础设施建设。

值得一提的是，惠州还明确，支持社会资本参与惠州市中心客运枢纽、惠州市南部新城综合客运枢纽、惠阳区高铁站客运中心枢纽等客运枢纽项目的投资建设及运营维护。推行客运“一票式”和货运“一单制”运输，实现综合运输一体化服务。