我国河流总长43万多公里，是水运资源比较丰富的国家，具有悠久的水运历史。近年来我国内河高等级航道工程建设取得了较大成绩，但也暴露出诸多问题，突出表现为以下四点：

一是高等级航道建设的资金来源渠道较窄，地方配套资金落实困难。我国内河水运建设投资结构单一，以中央投资为主、地方筹资为辅。由于航道是不收费的公益性基础设施，经济效益较差，资金筹措难度较大，尚不具备较强的市场融资能力。今后一段时期，内河水运将处在较快发展阶段，对建设资金处于较高需求期。要实现2020年内河高等级航道里程达到1．9万公里的规划目标，“十二五”、“十三五”期间内河航运平均每年需投资400亿元左右，是“十一五”期间投资强度的2倍左右。建设资金严重不足仍是制约内河水运发展的主要因素。

二是高等级航道基础设施薄弱，不能适应沿江区域经济社会发展要求。我国高等级航道由于历史上长期缺乏大规模投入，导致航道基础设施总体仍比较薄弱，航道的运输能力和通畅性难以保障，水运比较优势没有得到充分发挥。一方面由于建设资金投入不到位、未配套建设通航设施或通航设施等级低、碍航桥梁等建筑物多，使得部分航道尚未达到规划要求，干支航道不能高标准贯通，影响整个航道运营，目前高等级航道达标率仅为54%，三级及以上航道仅有9500公里，且通航保证率偏低。另一方面航道通过能力明显不足，在货运量快速增长的情况下，已经整治的部分航道出现了新一轮的不适应，局部船舶堵航现象时有发生，扩能刻不容缓。国家近期批准的数个规划和实验区均涉及长江、珠江、京杭运河沿线等内河水运发达地区，对航运提出了更高的要求；《关于大力实施促进中部地区崛起战略的若干意见》中明确提出加快长江、淮河干流及重要支流高等级航道建设。势必要求内河水运首先加强“硬件”建设，为沿江经济运行提供足够的运输实力和较好的保障环境。

三是高等级航道建设相关部门之间协调困难，水电开发与水运建设矛盾突出。高等级航道建设过程中涉及中央和地方水利、国土、环保、农林等多部门利益，征地、岸线、防洪及环评等外协难度较大，耽误了项目审批工作，影响了航道建设。例如长江干线航道“延上游”系统整治牵涉环境保护和渔业资源保护等问题，因受环评限制，无法落实建设条件。另外，我国现行水资源管理分属于各涉水行业主管部门，部门缺乏统一的开发思路，尤其是水利、水电开发与水运发展之间有效协调不足，影响了航道发展。主要表现在：一是现已建和在建的梯级中有的通航设施标准低于航道的规划标准；二是对梯级建设中缓建、未建过船设施，在较长时间内形成断航，制约了水运的正常发展；三是在通航河流梯级枢纽的开发建设中还存在着上下游梯级通航水位不衔接、梯级枢纽下游航运配套工程设计不合理等问题。

四是高等级航道支持保障体系不够完善，运输服务水平亟待提高。由于现代化的安全监控设备配备工作起步较晚，加之投资建设与运营维护成本相对较高，总体上安全监管能力提高较为缓慢，现有国家高等级航道的安全监管水平较低，监管范围较小，船舶搁浅、与桥梁碰撞、溢油等安全事故时有发生。相对薄弱的安全监管水平与保障航道安全通行的要求仍存在较大差距，管理的成分重、服务成分轻的传统管理模式并未根本改变。