中海集装箱运输股份有限公司的前身是1997年8月28日成立的中海集装箱运输有限公司。根据2004 年2 月5日国务院国有资产监督管理委员会国资改革[2004]49号文《关于设立中海集装箱运输股份有限公司的批复》，中国海运（集团）总公司作为独家发起人，以中海集装箱运输有限公司的净资产出资，发起设立中海集装箱运输股份有限公司。本公司于2004年3月3日在上海工商局登记注册。

经营范围：国内沿海及长江中下游普通货船、国内沿海外贸集装箱内支线班轮运输，国际船舶运输（含集装箱班轮运输），集装箱制造、修理、租赁，船舶租赁、自有集装箱、自用船舶买卖，国内沿海普通货船（散货船除外）海务管理、机务管理和船舶检修、保养、买卖、租赁、营运、资产管理及其他船舶管理服务（涉及行政许可的凭许可证经营）。

航运企业在2013年的一片哀鸿，在中海集团的另一家上市公司再次体现。中海集运2013年年报显示，公司归属于上市公司股东的净利润为亏损26.46亿元，同比2012年的盈利数据，下降606.25%。

对于亏损的原因，中海集运表示，由于世界主要经济体需求不振，行业内总体运力持续扩张，航运市场供需矛盾十分突出，主流航线运价难以取得实质性恢复，继续维持低位震荡。中国出口集装箱运价综合指数平均值为1081.8，较2012年平均值下跌7.6%，航运企业面临异常严峻的经营形势。