商船三井与日本邮船及川崎汽船并称为日本三大海运公司，以纯利润及市价总值计算居日本第一位，而销售额则仅次于日本邮船。商船三井的主要源流有二，分别是成立于1884年的大阪商船和1942年的三井船舶，分属日本的两大财团住友财阀和三井财阀。1964年，大阪商船与三井船舶合并为大阪商船三井船舶株式会社，开创了日本跨财阀大公司合并的先例。1999年4月，大阪商船三井船舶与当时日本排名第四位的海运公司Navix Line合并，改名为商船三井。

不同于马士基等以集装箱运输为主的海运公司，商船三井的经营范围涉及到各个船种。截止到2008年3月底，共计拥有各类商船845只，5,434万重量吨，是世界最大的船队。同时商船三井拥有业界第一位的LNG船队，以及强大的干散货船和汽车滚装船，而集装箱运输领域则居世界10名左右。商船三井的集装箱是以鳄鱼扛集装箱为标志，是个明显而有趣的特征。

在2008年度《财富杂志》世界500强排名中，商船三井与马士基、日本邮船及中远集团作为仅有的四家国际航运企业入选。

商船三井在中国被扣船事件

日本商船三井株式会社23日履行上海海事法院的判决，支付40亿日元的赔偿金，从而使一起长达近80年的中日民间纠纷得到解决。商船三井的前身公司1936年租用2艘中国民船从事海运，2船在战争期间先后沉没。中方船主及其后代前仆后继依法追索赔偿，直到2007年上海海事法院判其胜诉，2010年上海高院维持原判。在商船三井拒绝执行判决的情况下，上海海事法院于今年4月19日扣留商船三井的一艘货轮，商船三井被迫改变态度，缴纳赔偿金和利息。

此次问题源于1936年中国一家海运公司将2艘货船租借给了商船三井的前身公司，但该公司之后一直未归还。1988年原中国海运公司老板的孙子向商船三井提出要求赔偿;2007年12月7日，中国法院依法作出判决，责令商船三井按照当时的汇率赔偿原告约29亿日元;2010年8月6日，中国上海市高级人民法院作出维持原判的终审判决。然而之后双方当事人曾多次进行和解但协商未果。为此，上海海事法院4月19日依法对商船三井所有的用于运载铁矿石的船只“BAOSTEEL EMOTION”实施了扣押。