水下考古专家经过勘探，已经掌握了沉船附近海底地貌的平面、剖面图。“南澳Ⅰ号”沉船保存较好，船体大部被泥沙覆盖。根据暴露出来的隔舱板和船体上部凝结物的状态判断，古船处于正沉状态，方向接近正南北向，初步判断古船长度不小于25.5米，宽度不小于7米。

 　勘探测量数据显示，这艘古沉船上货物散布范围长约28米，宽约10米。古船的上层结构已不存在，但隔舱和船舷保存状况较好，由于船体表面覆盖有泥沙和大块凝结物，船体和文物受腐蚀和人为因素破坏较小，初步判断除船体中部的两三个舱体外，沉船其他部分及舱内船货保存较好。

　　根据“南澳Ⅰ号”沉船的特点和环境状况，按照国家文物局批准的打捞方案，本次考古工作采用了不同于“南海Ⅰ号”的作业方式。考古队将首先在船体上部及船体附近区域布设水下探方，然后按照水下考古作业流程逐层进行考古清理、测绘、摄影和文物提取工作，预计整个考古发掘工作持续到今年的12月中旬。

　　发掘结束后，编写和发表考古发掘报告，今后的文物保护可分多个课题分别进行研究及保护报告的编写。