尽管国际海事组织（IMO）确定了“先行者不处罚原则”，通过的BWM.2/Circ.42/Rev.1通函也声称在试用期内（公约生效后3年）的PSC检查对超标船舶不处罚，但试用期过后是否会追溯存在不确定性（或声称不追溯但制定的要求却实质性地造成追溯）、船东如何证明“船舶已满足公约相关要求”存在较大的实施难度，而PSC检查时的取样分析方法与BWMS认可时的取样分析方法尚存在差异，加之船东对BWMS可靠性的担忧，以及BWMS的IMO认可标准与USCG认可标准之间并不一致（半数以上船舶有“配备的BWMS同时获得USCG认可”的需求），因此船东对安装BWMS并不积极。

船舶面临众多如何实施公约的问题，目前IMO对此无统一的解决方案或存在争议，这给业界带来很大困惑。一些具有代表性的问题列举如下：

1、现阶段压载水的排放是否满足D-2标准的最终判断及是否具有权威性，包括：BWMS认可时取样分析的判定结果，不同的缔约国PSC检查时的判定结果，不同的试验室进行取样分析后的判定结果，以及选择哪一个判定结果为最终结论且无争议。这涉及到不同人员的能力与资质水平、不同的仪器设备的可靠性和准确度、不同取样分析标准之间所带来的差异（包括对不同标准的理解差异）。