沙船在上海的航运发展中发挥了重要的作用。沙船运输业是上海城市商品经济发展的助推器，《宋史·兵志》中最早出现“防沙平底”船的记录。沙船的名称正式出现在明代，成书于嘉靖初年的《皇明奏疏类钞》就记载了沙船的名字。嘉靖八年，在官员黄绾的“弭江盗疏”中，4次提到长江下游江面上的沙船，并详细对沙船的船种、改造、管理、使用作了介绍，说明黄绾对沙船及其船户在江南一带的活动非常熟悉，也印证了沙船业在江南一带发展迅速。

清康熙二十三年（公元1684年），康熙颁布废除海禁的命令，沿海运输贸易得到发展，上海日益成为沿海航运中心，沙船也成为南北货物流通的主要运输工具。到乾隆年间，上海港口已经非常繁荣，“往来海舶，俱入黄埔编号，海外百货俱集”。清嘉庆年间是上海沙船业发展的高峰时期，清代科学家齐彦槐在《乙酉二月奉委赴上海查办海运事宜通禀各宪稿》中记载：“乾嘉时期，上海沙船有3000多号。道光六年，江苏巡抚陶澍组织招雇沙船等1500余艘，从海上运送漕粮163万石直至天津和直沽。”由此可见当时上海沙船业的海上运输能力。

沙船的出现提升了海上运输能力，满足了当时沿海南北物资交换的需要，推动了区域商品市场的形成。从上海城镇商品市场来看，沙船运输业推动了豆业、钱庄等行业的发展，对上海城镇的商品经济发展起到助推器的作用。

随着沙船业的快速蓬勃发展，上海沙船商进入了活跃期。康熙五十四年（公元1715年），上海沙船业主成立了上海南北航运行业性组织——商船会馆，这也是沙船业主建立的最早的行业性会馆。清乾隆年间，商船会馆成为上海妈祖信众的主要聚集和活动场所。到光绪年间，商船会馆作为行业性会馆，成为沙船商聚集的场所，同时又是他们负责督促沙船商遵守行业规则，探讨发展业务、调解同业纠纷、平均同业利润的重要机构。近代以后，海运主要依靠机器火轮，大批沙船因业务不足被迫停驶，沙船业发展迟滞，商船会馆受到外国航运业的挤压，上海沙船业逐渐衰落。

上海历史博物馆原馆长潘君祥表示，沙船和商船会馆在上海航运历史上的作用不容置疑。上海市的市标中设计了一艘五帆沙船，就是对沙船海上运输业历史贡献的一种肯定。沙船和商船会馆清晰记录了上海航运发展史，鉴于商船会馆的重要历史地位，1987年会馆的建筑被列为上海市级文物保护单位。

现在，有着300年历史的会馆仅保留了正门、戏台以及戏台面对的正殿，原来正殿南北的配殿已经看不到了。正殿和戏台部分结构残缺不全，门楼上的题字难以辨认，亟须加以修缮。“上海商船会馆是上海港口城市发展重要的历史文脉，也是一处珍贵的历史文化遗产，希望更多的人去关注和保护它。”潘君祥呼吁道。