同年7月，最后有欧洲的捕鲸船在巴芬湾目击到富兰克林的船队，当时两艘船停泊在一处冰山附近。从此，他们便杳无音讯，再无人知道船队的下落。

北极圈虽然冰封，但并非无人区，气候也远不如南极恶劣。到底出了什么事呢？1847年，富兰克林留在英国的妻子提出搜救要求，但由于船队有三年补给，海军部直到1848年才开展行动。在2万英镑高额赏金的诱惑下，40多支搜救队扑向北极，折人无数，简直像又一次十字军远征。

在此过程中，富兰克林的遗孀，简·富兰克林表现出了惊人的毅力，她个人资助了7个搜救队，哪怕在英国政府放弃后也坚持搜救，并亲自旅行到离北极圈最近的英国领土，设得兰群岛，寻找丈夫的遗迹。最神奇的故事是，一个4岁死去的爱尔兰小女孩“Weasy”的鬼魂现身，画出了一幅地图，指示搜救队前往此前没有尝试过的维多利亚海峡寻找船队。简相信了，后来的搜救证实，那里也确实离富兰克林最后遇难的地点不远。

大规模的搜寻持续了十几年，各方的结果逐渐拼出一个模糊的轮廓：1845年，富兰克林探险队在比切岛过冬，其间有三人死亡。他们的墓已被发现。1846年9月，恐怖号和幽冥号在威廉王岛外被浮冰围困，富兰克林本人则于1847年6月11日去世。在不幸地经历了两个没有融冰的寒冷夏天后，因为实在无法从冰块中脱身，第二年春天，剩下的105名船员们被迫弃船，登上威廉王岛，在饥饿、寒冷、铅中毒导致的疯狂和同伴之间的自相残杀中，陆续死去。

红色虚线为船员可能的逃生路径